■商品種類
つぼみたちのクラスメイト。髪型はお団子頭。お父さんは「どんぐり舎」（単行本時、連載時は「画学社」）という出版社のえらい人らしい。自分の抱いている恋心に関して悩んでいる。意外と男子にモテるが、その事については関心がない模様。育と同様、ChuChuの愛読者。将来の夢は看護師か保育士になること。5月12日生まれのおうし座。血液型はO型。
お兄さん
名前は不明。つぼみに不思議なシャープペンシルをあげた人物。いつも真っ黒なコートと帽子を着用している謎多き二枚目青年。幹図と同じように、つぼみのサポートや助言を行うこともしばしば。つぼみが知る人物と似ているらしい。昔の職業は画家で、持ち物の一つであるスケッチブックに達筆な風景画を残している。
仁科 理志（にしな さとし）
お兄さんに似たイケメンな男の子。ある日、つぼみの下駄箱にラブレターを入れた。
つぼみの母（本名不明）
専業主婦。過去に何らかの複雑な事情があった模様で、小学生絵画展で入選を取って将来に甘い幻想を持ったつぼみに厳しい現実を言い「普通の嫁になってほしい」と保守的に忠告している。つぼみが下校してきた時に、仏壇に手を合わせて拝んでいる事が多い。
※つぼみと理志以外の主要登場人物の苗字は連載終了後に発売された「ないしょのつぼみファンBOOK 女の子のはじめてのお話」にて明らかにされた。
「小学三年生」の2006年3月号、および「小学四年生」の2006年4月号から2007年2月号にかけて
不用品回収
された。全12話。1期の前年の話で、物語世界や登場人物は共通している。やぶうち優の連載作品の中では「ぴゅあ?ぴゅあ」と並んで主人公の年齢が最も若い。対象学年が下がったためか、内容に性教育的な要素はほとんど無い。
「0期」というのは「1期の前だから」という事で作者サイトや関連書籍で用いられた呼称で、単行本は「ないしょのつぼみ-めばえ-」のタイトルで発売。
0期の登場人物
基本的に1期の登場人物と同一である。
立花 つぼみ（たちばな つぼみ）
今作では小学4年生。ペットを飼いたいと思っていたらある日、部屋にインコが1羽迷い込んで来て、飼い主を探したものの、見つからず飼うことになった。その傍らで麗愛と共に、いちゃいちゃしたカップルを見た事で、キスや恋にほのかな関心を持つようになる。
ピースケ（ぴーすけ）
つぼみの家に迷い込んで来たコザクラインコ。体毛の色は黄緑で、顔の部分のみ朱色。ピースケの名前は元の飼い主が見つかるまでの仮のものとして、つぼみがオスかメスかを全く意識せずに名づけたもの。実際にはどうやらメスだった様で、卵を産んだ。飼い慣らされたためかよく人になつき、特につぼみの声掛けにはすぐに応答する。
山吹 八重（やまぶき やえ）
4年生の時もつぼみと同じクラス。学年の女子の中で最も背が高い。
ウィークリーマンション
から周囲に男の子と言われ、その事を気にしていた。
加藤 麗愛（かとう れあ）
同じく、つぼみと同じクラス。この頃からもう既に、恋愛や性に関する事柄に興味津々だった模様。
久木 太（くき ふとし）
同じく、つぼみたちと同じクラス。女の子をからかうのが大好きで、第1話でつぼみのスカートをめくっている。
1期と同様、連載時に苗字が初登場した時に、振り仮名が間違っていて、「ひさき」になっている（つぼみにそう呼ばれ、自らもそのように名乗ってしまっている）。これも単行本では直っている。
根本 大樹（ねもと だいき）
4年生の時はつぼみとは違うクラスで飼育委員をしていた。インコの飼い方や元の飼い主の探し方をアドバイスしてくれる。
三枝 葉（さえぐさ よう）
大樹と同じクラス。大樹や太とは幼稚園の頃からの友達。イケメン顔で女子にモテていたものの、「本当の自分を見ていない」と考えてしまい、いい思いをしていなかった。八重に人目ぼれをし、告白を試みる。
立花 啄実（たちばな たくみ）
つぼみの従兄弟。就職活動の下見のために山形からやってきて、つぼみの家に一週間泊まっていた。つぼみの初恋の相手。
立花 幹生（たちばな みきお）
つぼみの父。職業はサラリーマン。インターネットを使って、迷い込んで来たインコの種類を調べたり、巣箱を買ったりとピースケを飼っているつぼみのサポートをしている。
立花 美咲（たちばな みさき）
つぼみの母。作中に頻繁に登場し、母としての役割をこなしている。パート勤めをしている。作中の終盤に妊娠する。
牡丹（ぼたん）
大人びた体つきの小学6年生の女の子。ピースケを自分の飼っていた
横浜 マンション
だと思いつぼみの家に来るが、違った。
※1期の主要登場人物中、遠藤沙耶は最終回にわずかに姿を見せたのみ。
「小学五年生」の2007年4月号から2008年3月号にかけて連載された。全12話。
4期のあらすじ
新学期をむかえたある日、
冷凍おせち
遊つぼみの元に、見知らぬ差出人のEメールが届く。差出人の名前は"MIRA☆"。
つぼみがはじめて通る道を通ってるとき、知らない人に「きみのお父さんが病院に運ばれた」と聞き、その人の車に乗ろうとしたのを、ある少女に止められた。その少女は、つぼみの新学期からのクラスメイトだった。名前は未莱（みら）。Eメールの差出人と同一人物なのか、それとも…。
4期の登場人物
登場人物名は、男が十二支、女が十二支および花・植物に関係している。
小鳥遊 つぼみ（たかなし つぼみ）
4期の主人公。つつじ小に通う小学5年生の女の子。両親は共働きで、母親はいつも帰宅が遅い。性格は明るく好奇心が強いが、やや臆病なところがあり、素直になりきれていない。自らの早とちりで、友情を壊したり、母親に怒りの感情を持ったことがある。髪型はボブカット。誕生日は9月15日。血液型はA型。
根津 辰午（ねづ しんご）
つぼみの幼馴染でクラスメイト。学校では女子に人気があるらしい。つぼみの事が好きで、自らに振り向かせるために、いろいろと行動している。誕生日は11月27日。血液型はO型。
猪原 大河（いのはら たいが）
つぼみのクラスメイトで憧れの人。二枚目顔でサッカーが得意だが、幼稚園の時はおとなしく女の子のような外見だった。スミレとは幼馴染。誕生日は11月2日。血液型はA型。
犬飼 スミレ（いぬかい すみれ）
つぼみの友達。受験を控えた姉と、趣味の合う中1の兄がいる。兄が買っている少年漫画雑誌「週刊マンデー」を愛読している。髪型はマッシュルームカット。誕生日は3月17日。血液型はB型。
宇佐美 蓮華（うさみ れんげ）
つぼみの友達。幼稚園にかよっている弟がいる。下品で野蛮な男の子達が大嫌いで、純粋で天使のような弟を溺愛している。特技は写真の隠し撮りで弱点は乗り物酔い。髪型はポニーテール。誕生日は8月30日。血液型はO型。
有馬 未莱（ありま みら）
つぼみのクラスメイト。一人っ子。間違っている事が嫌いな、勇気があって頼りがいがある性格の女の子。つぼみが知らない人の車に乗ろうとしたのを止めたのをきっかけにつぼみと親友になる。じゃかいもを謎の物体に切ってしまうほど料理づくりは下手だが、クッキーをつくるのは得意である。髪型は長髪のツインテール。誕生日は1月5日。血液型はO型。
小鳥遊 茉莉（たかなし まり）
つぼみの母親。仕事が忙しく、つぼみとは同居しているにも関わらず滅多に顔をあわせられていない。職業は作中では明らかにされなかったが、茉莉の携帯電話の受信トレイには、出版･印刷関係と思しき会社がずらりと並んでいる。
※小鳥遊親子以外の登場人物の苗字は連載終了後に発売された「ないしょのつぼみファンBOOK 女の子のはじめてのお話」にて明らかにされた。
「小学五年生」の2008年4月号から連載。
5期の登場人物
登場人物名は有名SF作家の名前から。ちなみに誕生日も一緒。
相崎 つぼみ（あいざき つぼみ）
小学5年生の女の子。クラスメイトから「女なのにがさつ」だと言われる、父親と二人暮しの女の子。ある日突然、パラレルワールドからもう一人の自分が現れる。こちら側のつぼみは花形、向こう側は星形の髪飾りと部屋の目印を付けて区別している。誕生日は1月2日。血液型はB型。
相崎 操（あいざき みさお）
つぼみの父親。職業はSF作家。名前の由来はアイザック・アシモフ。
朝倉 ちはる（あさくら ちはる）
つぼみのクラスメイトで幼馴染の男の子。名前の由来はアーサー・C・クラーク。
筒井 隆（つつい たかし）
つぼみのクラスメイトの男の子。知的で、相崎 操の作品のファン。名前の由来は筒井康隆。
小松 咲希（こまつ さき）
つぼみと仲の良いクラスメイトの女の子。ニヒルな口使いでクールな女の子。女装少年が登場する漫画「乙女王子」の大ファン。1人で萌えている時はなぜかしょこたん語になる。名前の由来は小松左京。
星 菜摘（ほし なつみ）
つぼみと仲の良いクラスメイトの女の子。名前の由来は星新一。
炉端 ありす（ろばた ありす）
相崎操の担当編集者。名前の由来はロバート・A・ハインライン。
やぶうち優ファンBOOK やぶうち優の♀♂（おんなのこおとこのこ）なお話（2006年3月） ISBN 978-4-09-130397-4
「ちゃおコミックス スペシャル」として刊行。やぶうち優作品を、性教育マンガという区割りで特集した本。「ないしょのつぼみ」1期・2期のキャラ紹介、1期の番外編などを掲載。番外編は第5話と第6話の間にあたる話で、つぼみが5年生になって初めてのプール学習での出来事が描かれている。
ないしょのつぼみファンBOOK 女の子の初めてのお話（2008年6月） ISBN 978-4-09-159059-6
「小学館プラスワン・コミック シリーズ」として刊行。ファンブック第二弾となる特集本。1期〜5期のキャラ紹介、あらすじのまとめなどと、1期の番外編を収録。番外編は最終回より後の話で、つぼみの妹の沙耶が産まれた後である。付録として表紙と番外編中でつぼみが付けているものと同じデザインのヘアーゴム、ビニール製の巾着状バッグ、生理用ナプキン・P&Gのウィスパーさらふわスリム 座るときガード2個セットが同梱されている。